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En 1971, il intègre l'école privée de Westminster School. Mais il en sera expulsé lors de sa deuxième année, car pris en possession de drogues. Il passera une grande partie de sa vie à Londres, bien qu'il ait des racines irlandaises très fortes.
En 1976, il découvre les Sex Pistols sur une scène londonienne. À partir de ce moment commence sa carrière musicale pour le moins tourmentée.
Vivant à Londres, il devient très vite fan de punk et ne rate aucun concert des Sex Pistols à cette époque. Cet engouement pour la musique punk l'entraînera à créer son propre groupe baptisé "The Nipples Erector", puis renommé The Nips.
Quelques années plus tard, en 1982, il participe à la création du groupe The Pogues, qui deviendra par la suite un des groupes importants de la musique rock des années 1980.
Le groupe jouait de la musique folk irlandaise, mais avec l'énergie de la scène punk rock, et des instruments traditionnels irlandais (comme le Banjo ou le Tin Whistle), ce qui créa le son si particulier des Pogues.
Shane resta une dizaine d'années dans le groupe, qu'il dut quitter à cause de ses problèmes d'alcool, qui rendait périlleux tous les concerts des Pogues.
Le groupe créa deux autres album après la démission de MacGohan.
En 1991, il forme un nouveau groupe "Shane MacGowan and the Popes". Il fera plusieurs tournées, et sortira deux albums
Des années plus tard, en 2010, il fonde "The Shane Gang", avec lequel il sortira un nouvel album en 2011.