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En 1973, Hugues Dufourt intègre le CNRS en tant que musicologue chercheur. Trois ans plus tard, il devient l'un des responsables de l'ensemble L'Itinéraire et fonde le Collectif de Recherche Instrumentale et de Synthèse Sonore (CRISS) avec Alain Bancquart et Tristan Murail.
La même année, il fait partie de la commission qui est à l'origine de la création du Centre de Documentation de la Musique Contemporaine(CDMC), et de Musique Française d'Aujourd'hui (MFA).
En 1982, il prend la direction, au CNRS, du centre d'information et de documentation Recherche Musicale, en association avec l'École Normale Supérieure et l'Ircam.
En 1989, il crée, à l'École des Hautes études en Sciences sociales, un doctorat Musique et Musicologie du XXe siècle, toujours avec le concours de l'ENS et de l'Ircam.
En tant que compositeur, Hughes Dufourt fait partie du mouvement spectral de Tristan Murail et Gérard Grisey, même s'il donne de la musique spectrale une définition plus large. En 1985, Surgir, créée par l'Orchestre de Paris, provoque d'ailleurs un certain scandale.
Il reçoit de nombreuses commandes émanant d'institutions ou de formations musicales : La Maison du Sourd (1997, commande de l'Etat), Lucifer d'après Pollock (2000, commande de Radio France pour le Festival Présences), le cycle des Hivers (2001, commande du Festival d'Automne à Paris et de l'Association Orcofi), le Voyage par-delà les fleuves et les monts (2010, commande du CIRM, de l'Etat et l'Orchestre Philharmonique de Nice), On the wings of the morning (2012, commande de la West Deutsche Rundfunks).