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D'origine alsacienne, c'est dans sa région natale qu'il a débuté l'orgue, bénéficiant pendant ses années de jeunesse de la formation des organistes de l'École d'Orgue Diocésaine et a joué les grandes orgues Ferdinand Stieffell, datant de 1777, se situant dans l'église de Reichshoffen, en Alsace, pendant une dizaine d'années en tant que principal organiste. Plus tard, il se perfectionne à Toulouse.
Organiste missionné depuis 2007 en tant que titulaire de l'orgue historique de l'église de Cintegabelle, près de Toulouse, véritable chef d'œuvre inauguré en 1742 au sein de l'abbaye de Boulbonne et attribué au facteur d'orgue du roi Christophe Moucherel. Il est également, depuis 2018, organiste titulaire de l'Orgue historique Monturus de 1780 de l'ancienne Cathédrale de Lombez et de l'église de Samatan.
Outre la conservation de l'instrument, Emmanuel Schublin assure la promotion de ce patrimoine notamment par des présentations concertantes et il a créé un cycle annuel de concerts spirituels d'orgue « Les Heures Musicales à l'Orgue historique de Cintegabelle » une véritable action culturelle de diffusion du goût de la musique d'orgue et de la connaissance de l'orgue.
Il est fondateur du Festival « La Semaine d'Orgue à la cathédrale de Vabres l'Abbaye », dans l'Aveyron, Orgue historique Micot de 1761 et de ceux de Samatan « Les Samedis Musicaux de Samatan » et de Lombez « Festival musical de la Cathédrale de Lombez », Gers, dont il assure la direction artistique.
Depuis 2016, il est également organiste et directeur artistique du cycle de concerts sur l'orgue allemand des frères Link de l'église de Saverdun, en Ariège.
Outre les concerts en tant que soliste, que ce soit aux grandes orgues, à l'orgue positif ou au clavecin, il donne également des concerts, avec des instrumentistes de renommée internationale jouant des instruments tels que la flûte de Pan, la trompette, le violon baroque, le cornet à bouquin, la harpe, la viole de gambe, le traverso, ainsi que des chanteurs solistes, chœurs et d'autres artistes.
Il lui tient à cœur de transmettre l'art du jeu de l'orgue en organisant des concerts pédagogiques, s'adressant à tout public, ainsi qu'à la plus jeune génération.
Depuis 2016 il a enregistré plusieurs CDs.