Le 17 mars 1990, sous l'impulsion de l'association Transrock, le Krakatoa ouvrait ses portes au public. En l'espace d'une vingtaine d'année, la scène Mérignacaise est devenue un acteur majeur de la scène culturelle locale (labellisée SMAC depuis 1996) ayant pour volonté d'offrir au public une programmation toujours plus exigeante et diversifiée. Muse, Cat Power, Baby Shambles, Noir Désir, Louis Attaque, Shaka Ponk, Ben Harper, Ratatat ou encore Stromae, sont un échantillon de la dizaine de milliers d'artistes qui ont foulé la scène du Krakatoa depuis sa création.

Mais l'association a également pour volonté de soutenir les groupes émergents de la scène locale, par l'accompagnement et l'aide à la professionnalisation grâce à son dispositif La Pépinière, créé en 1993. A travers des Thematiks, des rencontres ou encore des ateliers, les artistes locaux sont soutenus et guidés pendant un an, sur leur projet artistique (communication, administratif, technique...).

Le Krakatoa s'inscrit donc dans une démarche de transmission des valeurs artistiques et culturelles, cherchant depuis ses débuts à valoriser la création et la rendre accessible à tous et cela dès le plus jeune âge. Depuis 2009, le pôle d'Action Culturelle ouvre en grand les portes des musiques actuelles et favorise la rencontre et la transmission autour de la création artistique via des missions de médiation (ateliers, rencontres dans les hôpitaux, actions auprès des écoles, résidences de création, concerts Krakakids...).

Place to be de la scène musicale de l'Agglomération Bordelaise, le Krakatoa, son équipe et ses 1200 places n'ont pas finis de faire rêver les plus jeunes comme les plus grands.