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L'artiste rock étoffe son univers musical, il a désormais recours à des instruments de musique acoustique classiques (guitare, piano, etc.) parfois méconnus (tel le cymbalum, instrument à cordes frappées) sur l'album Engelberg ou même très anciens (le cromorne par exemple, instrument à vent à anche double et corps recourbé, la vielle à roue ou la cornemuse) sur l'album Carcassonne. Il enregistre non plus en studio mais dans des hôtels qui l'accueillent plus chaleureusement. On peut noter, sur ces albums (ainsi que sur l'album studio suivant 1000 vies), la richesse qu'apporte la section rythmique composée de Manu Katché et Pino Palladino. Associant instruments traditionnels, sons et rythmes modernes, il affirme une singularité musicale incontestable, en hommage à Moondog, son maître respecté. Après l'été 1994, où il donne 114 concerts, Stephan Eicher sort son premier album live Non ci badar, guarda e passa accompagné d'une vidéo guarda e passa, on y retrouve les séquences live attendues, mais aussi des moments volés dans le car, les hôtels, les bars aux concerts improvisés, les quais de gare, les après-concerts, un aperçu intimiste de l'ambiance exaltante, exubérante, glorieuse mais épuisante de cette tournée filmée par Thierry Rajic.
Le très symphonique album 1000 vies qui suit en 1996 déconcerte une part du public qui ne reconnaît plus dans la tournée Backstage Concerto le Stephan Eicher qu'il a connu, mais l'album Louanges les réconcilie en 1999. Hotel*S, un best of, sort en 2001, sa version luxe est complétée d'un CD de chansons inédites, de versions oubliées ou inattendues. En 2002, il compose en collaboration avec le violoncelliste Jean-Philippe Audin et le pianiste Achim Meier, la musique du film Monsieur N. d'Antoine de Caunes. Il chante avec I Muvrini (un sonu pe campa - album Umani), Patricia Kaas (On pourrait de J.J. Goldman), la chanteuse québécoise Claire Pelletier (Ce que tu donnes), compose pour Johnny Hallyday Ne reviens pas et trouve enfin le temps d'enregistrer en 2003 Taxi Europa, qui est décliné sous forme d'un CD normal, d'un CD live et de deux DVD, l'un retraçant la genèse de Taxi Europa, réalisé par Marc Dixon, le second reprenant principalement le concert donné à l'Ancienne Belgique à Bruxelles, dans le cadre du Tour Taxi Europa, où Stephan Eicher se met en scène sur grand écran. En 2005, il réalise le second timbre d'une série pour la poste suisse imaginée par des personnalités résidant en Suisse. Ce timbre, baptisé Merci représente le Cervin stylisé sous la forme du continent africain à l'envers
Après une tournée en 2005, projet solo où il joue en acoustique seul sur scène au milieu de ses machines et de son ordinateur, il présente en 2006 au Blueballs Festival de Lucerne et en Corse quelques titres du disque Eldorado. Le 16 avril 2007, sous le label Barclay, sort Eldorado, 12e album studio. Il est réalisé par Frédéric Lo. Le Club Tour 2007, la tournée accompagnant la sortie de ce disque, comprend des concerts en France, en Allemagne et en Suisse notamment et se termine en octobre 2008, à Paris. En 2011, il participe à Tels Alain Bashung, l'album de reprises de chansons d'Alain Bashung, en interprétant Volutes.
Le 3 août 2012, il participe au Festival du Bout du Monde. Il écrit et met en musique la cinquième rêverie du promeneur solitaire de Jean-Jacques Rousseau sur l'album Rêveries. En octobre sort son 12e album studio L'Envolée avec un premier single Le sourire.
En février 2013, il est présent à Montreux pour l'Hommage à Claude Nobs, fondateur du Festival de Jazz de cette ville, en interprétant notamment Pas d'ami comme toi.