En 1984, il est lauréat du concours international Johann Sebastian Bach de Leipzig.Michael Schönheit a été organiste et chantre à Saalfeld de 1985 à 1991.
En 1986, Michael Schönheit a été nommé organiste Gewandhaus.
A ce poste, il assume la responsabilité artistique des concerts d'orgue et des cycles thématiques du Gewandhaus, en plus de collaborer avec les membres du Gewandhaus Orchestra dans la série de musique de chambre et d'apparaître comme soliste avec l'Orchestre.
En l'honneur du 300e anniversaire de la mort de Dietrich Buxtehude, Michael Schönheit a dirigé l'ensemble d'instruments d'époque qu'il a fondé en 1998, le Merseburger Hofmusik, et de nombreux solistes renommés dans la production complète de cantates et de musique d'orgue le Gewandhaus. Le cycle de trois ans a atteint son point culminant le 9 mai 2007.
Michael Schönheit est directeur artistique du Festival d'orgue de Merseburg depuis 1994, assumant le rôle supplémentaire d'organiste de la cathédrale de Mersebourg en 1996. Il a supervisé la rénovation substantielle de l'orgue de la cathédrale, instrument construit par Friedrich Ladegast en 1855.
L'école de musique de Nuremberg est le centre principal des activités pédagogiques de Michael Schönheit. Il est également actif en tant que membre du jury lors de compétitions internationales d’organes.
Michael Schönheit est très demandé comme soliste dans le monde entier, en Europe, aux États-Unis et au Japon. Il a joué comme soliste avec des orchestres tels que le Gewandhaus Orchestra, le Sächsische Staatskapelle Dresden, le Munich Philharmonic et le New York Philharmonic, pour ne citer que quelques exemples.
Michael Schönheit s'est également fait un nom parmi les principaux représentants mondiaux du pianoforte. Depuis 2006, il joue un pianoforte de John Broadwood en 1805.
D'innombrables émissions de radio et de télévision, ainsi qu'une discographie importante, documentent les diverses activités musicales de Michael Schönheit. En 2005, MDG publie deux CD très appréciés d’œuvres de Franz Liszt, enregistrées sur l’orgue de la cathédrale de Merseburg.
Ceux-ci ont été suivis en 2006 par un CD de ces œuvres de Liszt, Julius Reubke et Max Reger, qui avaient été créées pour la première fois sur l'orgue de la cathédrale de Merseburg. Un CD des œuvres de compositeurs de Leipzig, joué sur l'orgue Schuke dans la Grande Salle du Gewandhaus, a été publié par Kamprad en 2007.
