Clément Joubert fut aussi le directeur artistique et musical d'Opus Campus, de l'Orchestre Symphonique du Loiret, de l'orchestre Opus 16 et de l'ensemble de cuivres Villette-Brass. Il a dirigé l'orchestre National des Pays de la Loire, l'orchestre symphonique de l'Académie musicale du Cher, l'ensemble Sotto Voce, l'orchestre Ostinato...
Il a également été l'assistant de David Stern et de John Nelson à l'Ensemble Orchestral de Paris et de Krystof Penderecki à l'occasion du festival « Aspects des Musiques d'Aujourd'hui » de Caen.
Sa connaissance du monde de l'enseignement et son expérience des concerts favorisent une très large ouverture vers tous les publics.
Enfin, de nombreux ensembles font appel à ses services comme directeur musical pour des enregistrements et comme arrangeur (L'orchestre Philharmonique de Radio-France, l'orchestre du Capitole de Toulouse, le Feeling Brass Quintet (Romain Leleu)...).
