Toujours en recherche d'expériences nouvelles, il s'intéresse également à la pratique des musiques actuelles, et partage la scène avec le contrebassiste et compositeur André Klenes, avec lequel il enregistre quatre disques. Il joue dans le trio Cardamome avec Chikako Hosoda au violon, et Harold Noben au piano et compositions, et collabore avec Pierre Michaud, violoncelliste.
Le développement de sa carrière de chambriste et de soliste lui permet de se produire dans de multiples contextes et dans de nombreuses formations, entre autres avec Alexander Gurning (piano) et Sébastien Surel (violon) au sein du Trio Talweg, ainsi qu'en duo avec la pianiste Eliane Reyes. Sébastien Walnier est depuis 2008 violoncelliste solo à l'orchestre du Théâtre Royal de la Monnaie (Bruxelles). ..
