En tant que soliste, chambriste et musicien d'orchestre, il joue en concert et participe à des enregistrements discographiques, radiophoniques et télévisuels avec diverses formations, notamment La Simphonie du Marais (dir. Hugo Reyne) et le Lachrimae Consort (dir. Philippe Foulon). Il est également fondateur de l'ensemble Les Académiciens.
Sur le plan pédagogique, Jean-Marie Ségrétier débute sa carrière comme assistant en Formation Musicale au CNR de Caen en 1993. Professeur de flûte à bec et de clarinette depuis lors dans divers conservatoires et écoles de musique, il enseigne actuellement au CRI de Trouville (14), à la Maison de la Musique d'Hérouville-Saint-Clair (14), et anime le Département Musiques Anciennes et la classe de flûte à bec du CRC de Pont-Audemer (27).
Enfin, fondateur et directeur de l'Association pour le Rayonnement de la Musique Ancienne en Basse-Normandie, Jean-Marie Ségrétier a créé et dirige l'Académie Régionale de Musique Ancienne de Lisieux, manifestation estivale proposant depuis 1996 stages d'interprétation et concerts dans des monuments historiques du Pays d'Auge. Outre divers évènements musicaux et pédagogiques ponctuels, il a également créé en 2003 l'opération Bistrot Baroque, manifestation régulière visant à la diffusion des répertoires anciens sur instruments originaux auprès d'un large public.
